Vielleicht ein wenig spät, aber wenn der Thread dem Hauptprogramm ein anderes WndProc unterjubelt, welches WM_CLOSE und WM_QUERYENDSESSIONS abfängt bis der Thread fertig ist, sollte das schon funktionieren.

Dann müssen sich Thread und Hauptthread eben ein Synchronisationsobjekt teilen (Mutex, Semaphore, Critical Section) ...