Hi mael,
also wenn die "portable" erst installiert werden muss (jedes mal beim Einstecken des Sticks bzw. neuem System), dann holla die Waldfee. Denke aber nicht das du das vorhast.
btw:
Ich hatte mir mal ein RegClean-Tool für meine Anwendungen geschrieben, das alle Einstellungen der jeweiligen Anwendung aus der Registry entfernt. Das Programm war relativ klein, (~ 50 KB) da es nur aus "2 Units" bestand. (Windows/Registry/ und natürlich die, die sich automatisch einklinken). Wobei du das selbst in HxD.exe integrieren könntest, indem du vor dem Schließen von HXD eine Abfrage machst. Ist aber auf die Dauer vielleicht auch nervig!?
Um ehrlich zu sein, wird ich nichts an der Konfiguration ändern, lediglich für die portable auf dem Stick eine config-Datei anlegen. Existiert diese, wird sie verabeitet (wobei dann hier auch auf die Registry zugegriffen wird, Shellerweiterung reg./entfernen/pfade neusetzen etc.), existiert sie nicht, werden die Einstellungen aus der Registry geladen (so wie jetzt auch).