So, hier noch einige Ideen:
1. Probiere mal, ob es den Kommandozeilenschalter "-mno-cygwin" beim GCC gibt (wo du das in Eclipse einstellen kannst weiß ich nicht, ich arbeite immer auf der Kommandozeile bzw. mit MAKE).
2. Unter
http://www-128.ibm.com/developerwork...ibrary/os-ecc/ wird aufgeführt, dass man sehr wohl mit MINGW und Eclipse arbeiten kann.
// Roten Kasten gesehen und ignoriert