Der Cardreader ist als USB-Device angeschlossen, umountest du ihn, wird er erst beim nächsten anschließen wieder erkannt. (Ersetze vergleichsweise "Cardreader" durch USB-Stick)
Und natürlcih verschwinden dann alle Laufwerke, die der Cardreader-Treiber aufs Filesystem mappt.
Windows hat keinen mechanismus, um eine SD-Karte, die im Cradreader steckt, sicher zu entfernen. (wäre mal was, das ding als wechsellaufwerk zu mappen und "Auswerfen" wie bei nem opischen zu implementieren, das an die hersteller)
Am besten einfach: Vor dem Unterwegs sein den PC ausschalten - ist sicher, spart ne Menge Strom.