benutzt du Ubuntu mit Gnome, KDE(Kububuntu) oder XFCE (Xubuntu) ?
Und welche Version (Bzw wann hast du sie runtergeladen ? )
Bei der installation sollte er auf jedenfall fragen ob GRUB in den MBR installiert werden soll wenn du nur 2 platten hast gibts ja nur 2 möglichkeiten
muss man halt mal beide ausprobieren und falls es wieder probleme ist mit Windows Cd -> R (Wiederherstellungskonsole) fixmbr
ist des ja schnell wieder behoben.