das Pixel vom Desktop ermitteln beinhaltet die Programme welche gerade an der Stelle liegen. Man bekommt also streng genommen nicht das pixel vom Desktop sondern das was auf dem Bildschirm an der Stelle ist (mal
DirectX etc. ausgenommen).
Wenn du jedoch wirklich das aus einem anderen Programm haben willst dann wäre interessant wie du das Fenster des anderen Programmes ermittelst. Wenn du das Fenster-
Handle des anderen Programmes hast kannst du mit dem entsprechenden Befehl das Fenster auf eine eigene Canvas printen lassen und dann von der Canvas das Pixel auslesen.