Du könntest aber die Dateien aus dem einen Verzeichnis auf deinen Rechner übertragen
und in das neue Verzeichnis zurückübertragen.
Anschließend die Datei aus dem alten Verzeichnis löschen.
Das ließe sich dann alles per BatchFile lösen.
Es wird allerdings so einiges hin und her übertragen.
hier
http://www.libe.net/themen/BATch-Befehle.php unter
FTP automatisieren schauen
http://www.w3.org/Protocols/rfc959/4_FileTransfer.html
[edit] vielleicht läßt sich das auch mit rename from und rename to erschlagen [/edit]
[edit2] so geht es, gerade getestet [/edit2]
Grüße
Klaus