Eigentlich kann man sich die Frage ja selbst beantworten. Zu dem Zeitpunkt ist noch kein anderes Programm gestartet, und man kann somit auch Dateien löschen die unter Windows schon geöffnet sind (man kann zwar auch mit anderen Tools zwar die Handles freigeben)
Von Sysinternals:
Why would such programs be needed? Any program that must run before the
Win32 subsystem is started (around the time the logon box appears) must be a native application. The most visible example of a native application is the "autochk" program that runs chkdsk during the initialization Blue Screen (its the program that prints the "."'s on the screen). Naturally, the
Win32 operating environment server, CSRSS.EXE (Client-Server Runtime Subsystem), must also be a native application.
Von dir Luckie hätte ich schon erwartet, dass du die Vor- und Nachteile bezüglich einem Native Programm und einem Autostartprogramm selbst erkennst.