Die Baumansicht wird bereits sortiert. Entschuldigung, die Antwort habe ich geschrieben, ohne in den Quellcode zu sehen und wohl auch ohne zu Denken.
Nach dem Aktualisieren über das Kontext-Menü oder mit F5, oder auch nach einem Neustart, muss die Baumansicht auf jeden Fall sortiert sein - inklusive der Unterordner. Ich habe das jetzt mehrfach mit Unterordner und diversen Projektnamen ausprobiert und es sind mir keine Probleme bei der Sortierung aufgefallen.