Große Frage? wie sind die Pfade für msbuid gesetzt? global path, user path,
HKLM\App paths\msbuild.exe ?
Frage 2, hast du zufällig eine der frühen Betas von msbuid drauf, die auf dem 1.1'er basierten?
Aber jetzt wird's interessant: Bis du absolut sicher, dass das kein Snapshot aus der Betazeit von 2.0 ist?
Die Final von 2.0 und msbuild haben ein paar breaking Changes hinter sich. Gut möglich dass da irgendein Klassenname übergeben wurde, obwohl die neue Version einen Pfad haben will.