Irgendwie muss der pöhse Haxor ja an dein Fensterhandle - also kannst du ganz einfach alle Funktionen, mit denen das geht (EnumWindows, GetWindowFromPoint, GetActiveWindow etc.) hooken und dein eigenes Programm verstecken (oder gleich den aufrufer killen,
Exception sollte reichen
). Ach ja, wie wärs mit nem rootkit?
Ansonten wäre es gut etwas mehr über die Archtitektur deines Programmes zu wissen. Ich gehe jetzt mal davon aus, dass alles lokal abläuft. Das störende Programm scheint ja dein Programm mit Ereignissen zuzukloppen, so dass kein sinnvolles arbeiten mehr möglich ist.
Eventuell kannst du dieses Programm finden und zerstören. Ausserdem fragt sich, wie kommt das Programm da hin? Es ist ja eigentlich bereits als Virus einzustufen. Alle Sicherheitsmaßnahmen gegen Viren können also auch hier helfen.
Ausserdem solltest du versuchen, einen infizierten Rechner zu kriegen, damit du den untersuchen kannst und sehen, wo das gegnerische Programm herkommt.