Servus!
Der Bootloader ist in der Tat dazu da, ein anderes System booten zu können. Zum Konfigurieren kannst Du die Datei C:\boot.ini nutzen. Zum Starten von Windows 95/98/ME ist der Bootsektor des Systems erforderlich, meist in einer Datei Bootsect.bin (Windows NT/2000/XP legen sie automatisch an, wenn zuvor ein anderes System gefunden wurde und passen auch gleich die Boot.ini mit an).
http://www.winimage.com/bootpart.htm zum Extrahieren des Bootsektors
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