Für genau das was du da machst wurde .Net entwickelt.
Ein .Net smart client, der keine lokalen Zugriffe tätigt kann direkt über's Internet gestartet werden. Der User muss dir nichtmal vertrauen, er weiß ja, dass du ihm als .Nt App nix antuen könntest (Du startest ja aus der Internetzone). Aus genau diesem Grunde dürfen sogar normale Benutzer ein Smart client setup ausführen.
Eine native Exe ist
IMHO eine schlechte Wahl für so eine Anwendung...