Das Einrichten des Alias würde ich nicht von InstallShield machen lassen. Meine Erfahrungen damit waren sehr negativ, mal hat es geklappt, mal nicht. Dann haben Anwender Programme deinstalliert und dann waren die Einstellungen wieder weg......
Schaue aber mal hier:
http://www.jrsoftware.org/ishowto.phtml?a=bde
Da ist unter anderem gezeigt, wie man mit einen kleinen Delphi-Tool das während der Installation mit InnoSetup erledigen kann. Darauf will ich aber gar nicht hinaus. Ich würde den Alias immer beim Programmstart prüfen und dann, wie in dem Beispiel gezeigt, bei Bedarf neu setzen. Dann hast du den ganzen Support-Kram schon mal weg.
Wenns bis Montag Zeit hat, dann kann ich Dir auch mal meine CheckAlias-Routine senden, die ist ein wenig umfangreicher.