Erfahrungsgemäß sind die Unterschiede grösser, je älter der Standard ist.
Wenn Du einen neueren Standard einsetzt sind die Unterschiede kleiner (allerdings hat man damit natürlich Probleme mit älteren Browsern wie z.B. IE 5 für Mac / Netscape). Ich verwende für meine eigene Homepage (gingter.org - für die anderen noch nicht) valides XHTML und - das ist glaube ich das wichtigste - designe ausschliesslich im CSS und lasse die Finger weg vom Tabellenlayout. Meine Seiten sehen sowohl im Firefox als auch in Opera als auch in IE einwandfrei aus und lassen sich sogar mit Textbrowsern wie Lynx (und damit auch behindertengerechten Geräten) sauber strukturiert darstellen. - Das einzige an hacks was ich für den IE benutzt habe ist, dass ich dort den
XML-Header weglasse (per Browsererkennung über PHP - einfach die eine Zeile aussparen wenn ein IE vorbeikommt).