Wenn die Contentbox nach der Navigation wieder die volle Breite einnimmt, kannst du das durch Addieren der Navigationsbox-Breite zum margin-left der Contentbox beheben.
Soweit ich weiß ist ein Hintergrundbild die einzige Möglichkeit jetzt noch sauber beide Spalten gleich hoch zu bekommen (
Faux Columns).