Hmm, der Virus sitzt im MBR? Und du kommst auf die Rettungskonsole deiner Windows-Start-CD? Dann versuch dort mal ein fixmbr und evtl. ein fixboot. fixmbr stellt den MBR wieder her (evtl. vorhandene Bootmanager werden leider überschrieben) und fixboot die Original.Bootdateien.
Zum Thema Knoppix:
Kannst alteranativ auch
Kanotix nehmen, dort gibt es ein Skript um nach dem Booten der LiveCD die aktuellste Version von F-Prot automatisch zu installieren, vielleicht kann der sonst den Virus entfernen, zumindest aus dem MBR.
//Edit
Mit den
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