Schau dir mal die command-line-options an, speziell --default-character-set=latin1_de. Kann gut sein, dass du diese Angabe auch in der Steuerdatei my.cnf unterbringen kannst. Kenne mich mit Debian nicht aus, aber vielleicht kannst du dort auch einfach configure mit diesem Parameter laufen lassen. Darüberhinaus solltest du das Kapitel
MySQL Localisation und die Referenz zum repair utility MyIsamChk genau lesen. Nach dem Wechseln der collation order muss jeder index erneuert werden.
marabu