Imho solltest du, wenn du nicht gerade die Erstimplementierung eines Neulings verwendest, alle deine dateien locker innerhalb einer Sekunde gehasht bekommen
(MD5 schafft etwa ~170 MB pro Sekunde) Von daher würde ich dir raten, alle Dateien zu Hashen, Hash+Dateiname an den Server zu schicken, der dann sagen kann, was geändert werden muss