Es gibt etliche Algorithmen zum Verschlüsseln.
So wie ich deine Frage verstehe möchtest du eine Stromchiffrierung verwenden, den Plaintext verschlüsseln und dann den Ciphertext speichern.
Ganz simple Methode ohne viele Umstände wäre, die Datei in einen String zu laden, diese mittels
RC4 zu verschlüsseln und den String zu speichern.