Der zweite Taskbareintrag kommt durch dieses
SetWindowLong(Handle, GWL_HWNDPARENT, 0);
Hast du es mal ohne diese Änderung des Parentwindoweintrags versucht?
Es gibt aber auch noch die Möglichkeit den Taskbareintrag der Anwendung zu entfernen,
dieses könntest du ja mal auf den Eintrag der Form anwenden?