die downloads dürfen nicht direkt erreichbar sein.
dann baust du eine wrapper funktion welche wenn der aufruf richtig ist mit readfile die datei zurückliefert.
http://de3.php.net/manual/de/function.readfile.php
wenn du dann noch traffic shaping machen willst 2 möglichkeiten.
1) über linux iptables durch bestimmte ports routen.
2) readfile durch einen eigenen fopen konstrukt ersetzten und immer blöcke von 1k ausgeben mit warteschleife.
achtung - phpprogramme haben eine maximale ausführungszeit und outputbuffering darf nicht aktiviert sein.