Also ich zähle meine Downloads auch mit einem eigenem Downloadcounter Script, welches Header('Location:blblbla') einsetzt. Und das klappt auch jetzt noch:
http://florianbernd.fl.funpic.de/sites/freeware.php
(Bin auch bei Funpic, wie man sieht)
Mach das so, dass du einen Link erstellst: z.B. ../download/
dl.php?file=test.zip
Dl.php muss dann nur den Download zählen und mit Header() die Datei öffnen.
Mei mir geht das wie gesagt wunderbar.
Florian