Meine Vermutung ist dass du in deinem Programm nicht den aktuellen Pfad von deinem Programm bestimmst, sondern dich darauf verlässt dass ein Verweis auf eine Datei innerhalb deines Programmverzeichnisses auch ohne Pfadangabe funktioniert. Das Problem liegt also
IMHO in deinem Programm und nicht bei InnoSetup.
Am besten du legst dir eine Variable für deinen aktuellen Programmpfad an
Delphi-Quellcode:
AppPath := IncludeTrailingBackslash(ExtractFilePath(Application.ExeName));
und verwendest diesen Pfad wenn du auf Dateien innerhalb deines Programmverzeichnisses oder dessen Unterstruktur zugreifst
Delphi-Quellcode:
AnyFile := AppPath + 'anyfile.txt';
AnyOtherFile := AppPath + 'folder\anyotherfile.txt';