eine andere Möglichkeit wäre das du in deinem Programm einen Webserver bereitstellst so das die Daten direct vom Programm abgerufen werden können (dein Programm ist ja sozusagen auch im Internet).
Zu deiner Ausgangsvariante: Du musst die Daten nicht unbedingt per
ftp hochladen, du könntest sie auch mit Hilfe eines PHP-Scripts uploaden (daten mit idhttp an das phpscript senden). Dies hätte den Vorteil das Leute die dein Programm nutzen zwar hacken könnten wie sie auch andere Daten hochladen könnten aber sie können nichts löschen. Wenn du aber das
ftp-passwort im Programm zur Verfügung stellst könnte sich jeder per
ftp auf dem server einloggen und alles löschen/durcheinander bringen.