Dein Service macht doch sicher irgendwas in seiner Hauptfunktion, eine Variante wäre, diese Hauptfunktion direkt von begin end. aus aufzurufen. Das geht nur im Fall, daß dein Service tatsächlich nicht SYSTEM-Rechte braucht.
Ansonsten klingt dein Fehler danach, daß du die Übergabe des Prozesses an den SCM falsch machst. Ohne Code wird dir dabei niemand hier weiterhelfen
können. Mutmaßungen sind einfach nicht die beste Basis für eine effektive Hilfe.
Edit:
Schlechtschreibfäler ...