Eine Anwendung kann mehrere Fenster haben - jetzt überdenke nochmal deine Frage.
Wenn man eine
VCL-Anwendung umwandelt, wird man um ein Fenster kaum herumkommen. Außerdem brauchst du irgendwie eine Message-Loop ... ob du die Nachrichten dann an ein Fenster weiterleitest ist ja deine Sache. Beispiele findest du sicher in Luckies
Win32-Tuts.
Das Fensterhandle hat mit der Adresse des Programms (Instanzenhandle) nichts zu tun!