Grundsätzlich: Keine
DLL kann einen Hotkey registrieren. Jetzt meinst du vielleicht: "Bei mir geht's doch."! Falsch! Du schließt Falsches aus deiner Beobachtung. Ein Hotkey wird immer für ein Fenster registriert, oder alternativ für den aufrufenden (also meistens wahrscheinlich den Haupt-) Thread der Anwendung. Damit ist klar, wo die WM_HOTKEY-Nachricht bearbeitet werden muß, denn grundsätzlich gibt es nur eine Nachrichtenschleife pro Thread!
Ein Vorschlag von mir wäre, daß du der Anwendung selber eine Bearbeitung für WM_HOTKEY verpaßt, in der du eine Callback-Funktion aufrufst, welche ja dann wiederum in der
DLL enthalten sein kann.