durch ein Formular "durchklicken"

[Dax]

Das geht. Dazu musst du aber das Fenster finden, das im Z-Order direkt hinter deinem transparenten Fenster liegt; Button, Label, etc. zählen hier auch als Fenster. Wenn du das Handle dieses Fensters hast, tunnelst du noch die Mouse-Message und die Sache ist geritzt. Das einzige problem wird sein, das FEnster/Control zu finden, an das die Message gehen soll.
Hier könntest du mit FindWindow das Fenster mit dem nächstniedrigeren Z-Index holen und mit EnumChildWindows das Control finden, über dem die Maus ruht..