Ein Problem wird sein, das ein Windows-System auf der Root-Partition seine wichtigste Systemdatei im Root ablegt: Den Windows Bootloader: ntldr.
Blöderweise kann der WinXP ntldr kein Win2k starten und der Win2k ntldr kein XP. Somit ist eine gleichzeitige Installation auf der gleichen Partition unmöglich. Ergo: Ausweichen auf eine zweite Partition.
Ein Feature von NTFS ist, das den Platten ein nahezu beliebiger Buchstabe zugewiesen werden kann. Allerdings darf bekannterweise ein Buchstabe nur einer Platte zugewiesen werden. Im Bootmenu (boot.ini) steht drin, von welcher Partition ntldr sein
OS laden soll. Fehlt die boot.ini nimmt ntldr immer die erste Partition (C). Ist das nun die falsche (weil die erste halt versteckt war und es jetzt nicht mehr ist), dann passt der Loader nicht zum system und es gibt den beschriebenen Fehler.
Deswegen ist es nicht möglich, beide Partitionen als C zu installieren und dann beide aktiv zu haben während man die Systeme wechselt. Die jeweils andere Partition muss in diesem Falle zwingend deaktiviert sein, wenn Du nicht eine der Installationen auf einem anderen Buchstaben haben willst.