Unter PHP wäre das ne feine Hintertür für eine Injection. Ob und inwieweit man das in normalen Apps verwenden könnte weiß ich aber nich.
Ohne das Programm schon getestet zu haben fände ich noch folgendes nützlich:

Eine Dateiliste mit dem Projekt verknüpfen. Soll heißen man hat zu jedem Programm dann eine Kategorie, über die man alle Projekt-related Dateien anklicken und starten kann. Diese Liste sollte man sowohl dynamisch aus den Ordnerinhalten als auch statisch durch Angabe der gewünschten Dateien einstellen können.

Und man sollte Kategorien ausblenden können bzw. auch neue hinzufügen können. Denn nicht jedes Projekt hat die gleichen Bedürfnisse.
Wenn irgendwas schon dabei is, dann sorry... Ansonsten werd ichs jetzt mal testen.
mfg, mh166