phpinfo() spuckt einige Informationen zu PHP aus, u. a. auch Einstellungen.
Wie viel Dateien hst du denn auf dem Webserver? Evtl. gibt es auch dort ein Limit. Außerdem kannst du auf das Verzeichnis auch mit PHP zugreifen bzw. wie voll ist das Verzeichnis? Da kann es auch Beschränkungen geben.