Du solltest dir vielleicht folgende Fragen beantworten:
- Wie groß ist die Abweichung?
- Ist die Abweichung immer gleich?
- Welche Dateitypen sind betroffen?
- An welchen Stellen unterscheiden sich die gesendete und die empfangene Datei laut comp/filecomp/diff?
Das sollte dir einige Hinweise geben.