Du solltet dich erstmal entscheiden was du willst, also ob XHTML 1.0, oder
HTML 4.01. Das manche Elemente je nach Angabe anders Positioniert werden ist normal, das musst du dann berichtigen. Guck dir die Seite dann im Firefox an und öffne de JavaScript-Konsole. Vielleicht findest du dort eine Meldung, die drauf hinweist, warum das JS nicht richtig funktioniert.