Ich habs bei meiner Seite transparent gelöst. Alles was der Browser sieht ist z.B.:
http://www.irgendwas.de/downloads/datei.zip
Intern wird das dann mit den Funktionen des Apache-Modules mod_rewrite auf ein PHP-Script umgeleitet, das den Dateinamen als Parameter erhält. Dieses erhöht dann den Download-Counter und sendet die richtigen Daten (z.B. aus /dateien/datei.zip) an den Browser.