Probier mal mittels
SetProcessAffinityMask dein Programm nur auf einen Prozessor laufen zu lassen.
Ich hatte schon mal die unangenehme Erfahrung (mit einem MFC-Programm) welches bei Netzwerkkommunikation und mehreren Prozessoren nicht funktionierte.
Windows Vista - Eine neue Erfahrung in Fehlern.