ich habe zwar noch nie mit InnoSetup gearbeitet, aber die Methode müsste so oder so ähnlich sein...
Wenn Du einem Dateityp mit einem verlinkst, gibst Du normalerweise den Pfad und Namen der Exe an, welche das Icon liefert. Um ein anderes Icon aus der Exe zu nehmen, musst Du nach Namen und Pfad zusätzlich ein Komma und die Nummer des Icons angeben (0-basiert).
Bsp wie es in der Registry aussehen würde, wenn das 4. Icon mit Dateien des Types .den verknüpft werden würden:
HKCR\.den --> DEN-File
HKCR\DEN-File\DefaultIcon --> C:\Temp\Meine.exe,3