Zunächst einmal:
Windows ist kein Echtzeitbetriebssystem. Insofern ist es generell schwierig, ein genaues Timing einzuhalten.

Ich würde statt die Anzahl Millisekunden auf das Event zu warten einmal ein Sleep(1) in einer Schleife versuchen, die läuft, bis das Event signalisiert ist. So kannst du testen, ob es an dem WaitFor liegt. Das Event signalisiert dir, ob Daten da sind?
Wenn du ein komplettes Beispielprojekt hättest, das das Problem zeigt, kann ich das Problem auch einmal direkt anschauen.

Allgemein: Ein Sleep ist in einem Thread kein Problem, da man ja nur den eigenen Thread schlafen legt. Man sollte nur nicht zu lange schlafen und zwischendurch Terminated prüfen, wenn man in einer Schleife länger wartet, damit die Anwendung sauber beendet werden kann.

Gegen die Priorisierung der Vordergrundanwendungen an sich kannst du in deiner Anwendung glaube ich nichts machen, denn das ist eine Benutzereinstellung und soll die Benutzererfahrung verbessern.