Eigentlich sollte die Schleife bis 100 sofort loslegen wenn der 2. Thread gestartet wurde.
Wenn das so funktionieren soll, wie du oben beschreibst, dann braucht man ja keinen Thread und kann alles nacheinander abarbeiten.

Außerdem würde ich Form1.actvtyndctr2.Animate := false; nicht da stehen lassen wo es steht.
Das soll da aufgerufen werden, wo auch der Thread seine Arbeit erledigt hat. Also im Thread selber und nicht außerhalb.

Dein Beispiel ist nicht gut, ich würde das wegschmeißen und was Vernünftiges suchen.