Wie Dalai bereits sagte, spielt es keine Rolle, ob du das Programm direkt aus dem Mainthread oder aus einem anderen Thread heraus startest. Das gestartete Programm läuft immer in seinem eigenen Thread/Prozess. Das einzige was du machen kannst, auf des Ende dieses Prozesses warten. Solltest du allerdings den Prozess aus deinem Mainthreat gestartet haben und auf dessen Ende warten, wird deine GUI nur noch wenig reagieren.

Ansonsten musst du natürlich selber darauf achten, dass du nicht noch irgendwelche Handles auf Datei offen hast.

Und solltest du verschiedene externe Programme oder Pythonscript aus verschiedenen Threads heraus starten, ist das abstimmen des Timings natürlich schwieriger und es kann sehr schnell zu Dateizugriffsproblemen kommen.