Es sieht ohne eben nicht so schön aus und die Oberfläche der IDE ist (wie auch jedes andere Programm) spürbar langsamer.
Aber das ist ja logisch, denn durch das Deaktivieren von Aero müssen die Oberflächen der Fenster durch die CPU gerendert werden statt durch die dafür ausgelegte GPU... von daher sollte man Aero ohnehin nur im Notfall deaktivieren, z.B. wenn die Grafikkarte nicht gut genug dafür ist.