Die Timerbehandlung ist kein Thread.

Der Mainthread rödelt ständig in einem Loop und schaut, was zu tun ist.
Er prüft, ob Tastaturnachrichten anliegen und gibt diese an die Controls weiter.
Dann schaut er, ob OnIdle etwas zugewiesen ist und führt das aus, wenn sonst nichts zu tun ist.
Und er schaut, ob Timermessages anliegen.
Dann behandelt er diese, indem die zugewiesene Ereignisbehandlung ausgeführt wird.
Dauert diese 2 Minuten, hängt die GUI so lange.

Ob Du ShowProgressValue(Value) jetzt in einer Timer-Behandlung ausführst oder synchroniert aus dem Arbeitsthread aufrufst, nimmt sich für die GUI nicht viel.
Lediglich der Thread wird bei Synchronize-Nutzung in dem Moment für ein paar Millisekunden unterbrochen, bis der Mainthread die Änderung zulässt. Diese Änderung läuft dann genau so im Mainthread-Loop wie die oben skizzierte in einer Timerbehandlung.
Der Arbeitsthread sagt dann halt nur: Ich will mal eine Änderung veranlassen, sag mir, wenn ich kann... Ich warte mal so lange...

Bei jeder Lösung müssen beide Prozesse irgendwie aufeinander abgestimmt werden. Du musst entscheiden, welchen Aufwand Du betreiben willst und welche Performanceanforderungen Du hast.
Solang Deine Progressaktualisierung Dein Projekt nicht ausbremst würde ich die einfachste Lösung wählen.
Wenn das System ausgebremst wird (bei extrem vielen, extrem schnellen Änderungen) dann würde ich einfach nur jede 100. Änderung an die Gui geben und fertig.

Wenn Du vom Thread aus über Synchronize Deine Gui in Teilen aktualisierst heisst das nicht, dass Du Logik und GUI vermischt.

Man kann das noch klarer trennen, aber man sollte auch Aufwand und Nutzen abwägen.