Warum kommt eine exception?

[jaenicke]

In das Systemverzeichnis kopieren sollte man nicht machen. Lege die besser in das Verzeichnis deiner Anwendung.

Denn was, wenn ein anderes Programm die DLL in einer anderen Version benötigt?

Wenn du später einen MSI-Installer erstellst, kümmert der sich darum (Stichwort Side-By-Side-Konfiguration), aber ohne Installer sollte man die DLLs dann in das Anwendungsverzeichnis legen.