Das hängt wohl mit dem Namen der Icon-Ressource zusammen. Projektsymbole erhalten standardmäßig den Namen
MAINICON. Wenn du bspw. jetzt dein zweites Symbol in die RC-Datei als
ANDERESICON einträgst, dann wird es benutzt, weil A vor M kommt. Die Reihenfolge (wann wo welches Icon geladen wird) spielt dabei
IMHO keine Rolle.