Möchtest du unbedingt mit WaitFor arbeiten oder wäre eine Lösung mit Messages auch akzeptabel?
Sobald ein Thread fertig sagt er der GUI mit PostMessage Bescheid und diese kann entsprechend reagieren.
Laut deiner Beschreibung sind Thread 1 und 2 nicht voneinander abhängig, also wäre es ok wenn #2 schneller fertig ist als #1.