Problem mit glColorMask(true, true, true, false);

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Nein, der Z-Buffer wird anhand der Geometrie erzeugt, nicht anhand der Texturen.

Du könntest natürlich vor jedem transparenten Face den Z-Buffer duplizieren, dann das Face zeichnen - zwei mal, ein Mal in die Szene, ein Mal ganz alleine in eine weitere Textur, und nachher den neuen Z-Buffer anhand der Farb-Maske in der Textur aus der Sicherung Pixel für Pixel rekonstruieren. Ginge nur für volle Transparenz, und resultiert vermutlich in einer Performance die komplett jenseits jeglicher Nutzbarkeit liegt. Oder du zeichnest die transparenten Teile sortiert zum Schluss!!!! Wo ist denn das Problem dabei, dass du dich dermaßen stur dagegen wehrst?