Zitat:
Aber welche Eigenschaften bräuchte ich denn deiner Meinung nach um die 2D-Position eines Atoms im Molekül zu kodieren
Die Eigenschaften, die man fast immer benutzt um einen Punkt im R2 zu bezeichnen: Eine X- und eine Y-Koordinate. Also würde ich voschlagen, dass du beim erstellen ein Atom (c oder sowas) zum Chef-Atom ernennst und alle anderen Atome relativ dazu speicherst. Also H²O mit Chefatom:=0 würde dann so abgespeichert werden:
H1(1/0) (rechts daneben)
H2(0/1) (oben drüber)