Das wird wohl daran liegen, dass der Microsoft Installer intern GUIDs verwendet. Eine identifiziert das Produkt und sollte sich bei jeder Version ändern, eine weitere bezeichnet den so genannten "Upgrade Code" und soll eigentlich helfen, dass man vorhandene ältere Versionen durch neue ersetzen kann (sprich: updaten). Daher sollte dieser Wert auch bei jeder Version identisch sein. Und die dritte
GUID ist der interne
Package-Code, der für jedes Installerpaket anders sein
muss.
Evtl. schaust du dir das mal an und änderst es. Ich habe mich mit dem Install Shield, das bei Delphi dabei ist, nicht weiter beschäftigt, aber ich denke, wenn du diese ... äh ... Skriptdatei (oder was immer sie ist) mal lädtst, müsstest du die o.g. GUIDs auch sehen und evtl. ändern können.
Die beste, wenn auch umständlichste, Variante ist allerdings die, immer ein neues Installerskript zu erstellen und das alte nicht erneut zu verwenden, sondern bestenfalls den o.g. UpgradeCode zu übernehmen.