Selbst wenn in beiden Programmen die selbe DLL geladen würde, wären diese grundsätzlich eigentlich erstmal vollkommen unabhängig voneinander, da jede DLL in den Prozesspeicher der zugehörigen EXE geladen werden. Und seit WinNT ist dierst Speicher vollständig getrennt.

Außer man bindet z.B. gemeinsame MMFs in die Prozessspeicher ein oder tauscht sonstwie "absichtlich" irgendwelche Handles, Speicher und sonstwelche externen Dinge.