Für Konsolenprogramme nennt man sowas FrontEnd
Man erstellt ein Formular wo man alle Optionen zu dem Programm einstellen/auswählen kann und startet das Programm per ShellExecute o.ä. und übergibt die entsprechenden Parameter...
(siehe hier
UPX AND GUI
Für Nicht-Konsolen Programme könntest du evtl. mit dem Resource-Hacker oder anderen Resourcen-Editoren die Dialoge verändern, sofern diese in den Resourcen vorhanden sind und nicht dynamisch erstellt werden.
Oder aber auch ein FrontEnd bauen, falls das Programm die nöfigen Einstellungen/Optionen als Kommandozeilen-Parameter akzeptiert (wenn's denn unbegingt sein muss auch per
DDE 
)